Das primäre Ausgabeformat von PHPDoc ist XML.
Anders als Javadoc stellt der PHPDoc Kern keine API zum Zugriff auf
Parserdaten zur Verfügung. Stattdessen werden die gewonnenen Daten als
XML Dokument auf der Festplatte abgelegt. Mit XML öffnet sich PHPDoc beliebigen
Darstellungsformen wie HTML und PDF und Formaten wie DocBook.
Eigene Renderer können programmiert werden und sich dabei einiger Hilfsfunktionen
zum Zugriff auf die XML Dokumente bedienen.
Von Haus aus ist PHPDoc mit einem templatebasierten HTML Renderer ausgestattet.
Layoutanpassungen können ohne Programmiertätigkeit vorgenommen werden.